В 1646 г. Московская вотчина попадает в руки к князю Г.Н. Бельскому, а в 1676 г. переходит во владение другого стольника, князя Ивана Ивановича Щербатова. Церковь в Милюково при первом и втором владельце значится деревянной. При Щербатове храм перестраивается, к нему добавляются два придела: Михаила Архангела и Покрова пресвятой Богородицы. В 1704 г. в Милюково, не ломая деревянного здания, приступают к строительству каменной церкви в честь Покрова пресвятой Богородицы, на средства князя И. И. Щербатова.
В настоящее время на её месте Новоспасским монастырем выстроен небольшой деревянный храм. Подворье было образовано в 1998 году. От усадьбы остался разрушенный дом на берегу Десны, фонтан в яблоневом саду, старая каменная церковь, построенная Щербатовым, утрачена.
